Centrum Projektów Informatycznych, a w szczególności Wydział Projektów Europejskich realizuje zadania, które mają odmienny charakter w kontekście pozostałych projektów powierzonych  jednostce. Komórka ta jest odpowiedzialna za obsługę merytoryczną, organizacyjno-prawną, techniczną i kancelaryjno-biurową Pełnomocnika Rządu do Spraw Przygotowania Organów Administracji Państwowej do Współpracy z Systemem Informacyjnym Schengen (SIS) i Wizowym Systemem Informacyjnym (VIS). Tym samym koordynuje całokształt działań instytucji krajowych uprawnionych (około 40 podmiotów) do współpracy z SIS i VIS.

SIS II (SIS 1 funkcjonuje od 1995 r.) i VIS to dwa międzynarodowe projekty realizowane jednocześnie w ramach budowy Europejskiego Obszaru Sprawiedliwości, Bezpieczeństwa i Wolności. W działania zaangażowane są wszystkie państwa członkowskie Unii Europejskiej (UE) oraz Norwegia, Szwajcaria i Islandia (choć nie należą do UE to są aktywnymi uczestnikami współpracy w ramach Schengen). Dzięki wprowadzenia takich rozwiązań jak SIS mieszkańcy strefy Schengen mają możliwość swobodnego przemieszczania się, podejmowania pracy i zamieszkania w dowolnym kraju UE (pewne ograniczenia obowiązują w przypadku Wielkiej Brytanii, Irlandii, Bułgarii, Cypru oraz Rumuni). 

Co odróżnia projekty SIS i VIS od pozostałych zadań Centrum? Na pewno jest to:

• wymiar, gdyż są realizowane na gruncie europejskim i krajowym;
• cel – ponieważ stanowią wypełnienie zobowiązań międzynarodowych Polski wynikających z tytułu członkowstwa w Unii Europejskiej;
• sposób finansowania gdzie środki pochodzą zarówno z budżetu UE (poziom europejski), budżetu krajowego oraz środków europejskich w ramach instrumentów finansowych UE;
• realizacja na podstawie dedykowanych harmonogramów krajowych projektów SIS oraz VIS przyjmowanych na poziomie Rady Ministrów – Program dostosowania Organów Administracji Państwowej – MasterPlan;
• sposób zarządzania przez powołanego w tym celu pełnomocnika Rządu. 

• FAQ
• Sprawozdania w zakresie SIS i VIS
• Sprawozdania z polskiej prezydencji w zakresie SIS i VIS